20 ferramentas de código aberto podem ajudar na cura da COVID-19

Governos, cientistas e instituições de pesquisa estão usando tecnologia e inovação para combater o COVID-19.

Ferramentas de código aberto foram desenvolvidas e algumas continuam sendo testadas para apoiar os esforços que foram implantados para minimizar os resultados desse vírus mortal.

Uma variedade de ferramentas de código aberto já está em vigor, ajudando os pesquisadores a aprender sobre a doença, identificando a propagação, evitando a propagação e minimizando a disseminação e as mortes. Uma variedade de projetos está disponível no Ecossistema educacional que descreve como usar diferentes ferramentas.

Este artigo analisa algumas das ferramentas e bibliotecas de código aberto que estão sendo usadas no monitoramento, prevenção e contenção, diagnóstico e tratamento do COVID-19.

Mapa de Rastreamento COVID-19

Em janeiro, o Centro de Ciência e Engenharia de Sistemas da JHU lançou um Mapa de Rastreamento Global COVID-19 que rapidamente se tornou uma fonte confiável internacionalmente dos dados da pandemia em evolução em tempo real.

O mapa é de código aberto e tem sido usado para fortalecer os esforços de pesquisa e visualização pelas principais organizações de mídia, pequenas organizações e governos locais.

Rastreador DXY-COVID-19

O DXY-COVID-19-Crawler é um dos primeiros projetos de código aberto desenvolvidos para responder ao COVID-19 em janeiro.

Os desenvolvedores usaram dados do DXY.cn, um site usado por médicos chineses para relatar e rastrear casos. Eles desenvolveram um rastreador da Web que coletava dados do site e os disponibilizava por meio de uma API e um data warehouse. O código está disponível em GithubGenericName.

Kit de Dados Abertos

Kit de Dados Abertos (ODK) não é uma ferramenta nova. Já foi usado antes durante os surtos de Ebola na África Ocidental em 2004 e o surto mais recente na República Democrática do Congo em 2019.

Ele ajuda principalmente os usuários a coletar, gerenciar e usar dados no rastreamento de contatos, mapeamento estratégico, suporte à decisão, sensibilização da comunidade e gerenciamento de casos.

A comunidade ODK avançou ainda mais seu uso em resposta ao COVID-19, disponibilizando um formulário de relatório em suas implantações. O formulário foi elaborado de acordo com o protocolo da Organização Mundial da Saúde para investigação de casos e rastreamento de contatos e investigações.

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Os principais desenvolvedores também estão oferecendo suporte gratuito para qualquer organização que tenha implantado o ODK em resposta ao COVID-19.

Próxima cepa

Próxima cepa acompanha a evolução dos patógenos. Ele já foi usado para descobrir a história familiar de uma doença, permitindo assim a previsão da progressão da doença.

Foi usado com sucesso em epidemias anteriores, como o Ebola. Por meio de dados genéticos da Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid), o Nextxtrain está sendo usado para combater o COVID-19.

DHIS2

Você provavelmente já sabe DHIS2. É o maior Sistema de Gerenciamento de Informações em Saúde do mundo. É usado em mais de 70 países. Como parte da resposta ao COVID-19, o DHIS2 lançou um pacote de dados digitais que acelera a detecção de infecções, relatórios, vigilância e tratamento da doença.

O pacote de dados digitais DHIS2 usa metadados padrão que estão alinhados com o protocolo da OMS sobre definição e vigilância de casos de COVID-19 para permitir implantação e resposta rápidas.

Pikobar West Java

O Centro de Informação e Coordenação para Doenças e Desastres da Indonésia é um centro de resposta a crises formado para mitigar e responder ao COVID-19 na província de West Java, na Indonésia.

O Jabar Digital Service, como parte da resposta, desenvolveu um ferramenta e aplicativo da web de código aberto que permite aos usuários acessar os dados mais recentes do COVID-19.

OpenMRS

O OpenMRS é um sistema de atendimento ao paciente usado em muitos países em desenvolvimento em todo o mundo. Pela flexibilidade do Sistema OpenMRSos países que tiveram seus recursos de saúde esgotados podem usá-los para vigilância, triagem e tratamento do COVID-19.

O sistema pode ajudá-los a expandir sua capacidade, dando-lhes acesso a informações de base científica sobre como lidar com a crise.

OpenLMIS

o Projeto OpenLMIS faz uso de uma tática focada na comunidade para desenvolver um sistema de informações de gerenciamento de logística ajustável e de código aberto. O sistema OpenLMIS procura melhorar a precisão dos dados, aumentar a responsabilidade, melhorar a pontualidade dos dados e a visibilidade.

O sistema OpenLMIS procura melhorar as cadeias de abastecimento de saúde, o inventário de recursos médicos para fornecer uma imagem clara dos suprimentos médicos disponíveis, incluindo kits de teste e EPIs (equipamentos de proteção individual). Essa ferramenta pode ser efetivamente implantada para apoiar os tomadores de decisão na alocação de recursos em resposta ao COVID-19.

postos de saúde

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o Projeto Global de Mapeamento de Locais de Saúde é um projeto que visa mapear todas as unidades de saúde do mundo e tornar os detalhes de cada hospital facilmente acessíveis. Os dados sobre unidades de saúde foram disponibilizados por meio de uma API.

Ao colaborar com os usuários, a equipe healthsites.io captura e valida a localização e detalhes de contato de cada unidade de saúde e disponibiliza os dados gratuitamente e acessíveis por meio de uma licença de dados abertos.

SORMAS

SORMAS (Sistema de Gerenciamento e Análise de Resposta a Surtos de Vigilância) é um sistema de e-saúde móvel de código aberto. Foi implantado para implementar o controle de doenças, bem como procedimentos de gerenciamento de surtos.

Ele foi efetivamente implantado em vários países, incluindo Gana, Nigéria, Nepal e Fiji, para vigilância e detecção precoce da COVID-19.

O SORMAS é um sistema gratuito e de código aberto que segue os padrões de proteção de dados.

Tóquio COVID-19

Ao contrário de muitas outras cidades e governos, o Governo Metropolitano de Tóquio desenvolveu um site de código aberto que informa seus residentes sobre o COVID-19. Ao torná-lo de código aberto, o site recebeu contribuições de mais de 200 usuários. Três outras cidades, Chiba, Nagano e Fukuoka, recriaram o site.

OpenELIS

O propósito do Sistema de saúde OpenELIS é melhorar a assistência médica, fornecendo um sistema progressivo de gerenciamento de informações laboratoriais baseado em padrões que pode ser usado por várias iniciativas de saúde para melhorar as opções de tratamento.

O surto de COVID-19 apresentou um desafio global de rastreamento de contatos e testes em massa de casos suspeitos. O sistema OpenELIS pode ser efetivamente implantado no combate ao COVID-19 para facilitar o rastreamento de testes e resultados de laboratório.

o Kit de Ferramentas de Saúde Comunitária é uma coleção de ferramentas de código aberto, bem como recursos de acesso aberto que visa construir e implantar ferramentas digitais para uso em iniciativas de saúde comunitária em áreas de difícil acesso.

A comunidade de desenvolvedores do Community Health Toolkit se mobilizou para desenvolver ferramentas e recursos que visam apoiar os agentes comunitários de saúde no combate ao COVID-19.

CHIME

o Modelo de impacto hospitalar COVID-19 para epidemias (CHIME) é um aplicativo de código aberto desenvolvido por cientistas de dados da Penn Medicine – University of Pennsylvania. É uma ferramenta online que permite aos hospitais prever o impacto do vírus nos recursos de saúde.

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Ele é desenvolvido usando Python e a dependência de código aberto do pandas.

Mapa de Cuidados COVID

o Mapa de Cuidados COVID ajuda a mapear os recursos de saúde já existentes e a prever lacunas em leitos hospitalares, ventiladores, suprimentos médicos e pessoal. Todos os métodos, ferramentas de processamento de dados, visualizações e código-fonte são gratuitos e de código aberto.

O projeto COVID Care Map busca antecipar e agir para convocar apoio para cuidar efetivamente do número crescente de infecções por COVID-19 e daqueles que precisam de cuidados intensivos.

Locale.ai

A Locale.ai desenvolveu uma visualização interativa de código aberto de todos os casos confirmados de COVID-19 em todo o mundo. Ele consulta o conjunto de dados de código aberto da Universidade John Hopkins.

A Locale.ai desenvolveu o site de visualização COVID-19 pelo uso do Vue.js, que é uma estrutura popular que permite aos desenvolvedores criar aplicativos da Web modernos.

COVID-19 em todo o mundo

este aplicativo faz uso de uma visualização de mapa para monitorar a disseminação do COVID-19, os casos confirmados e o desenvolvimento da doença em todo o mundo. Faz uso de dados de John Hopkins CSSE.

rastreador de coronavírus

Este é um aplicativo brilhante desenvolvido por John Coene. Ele rastreia a disseminação do COVID-19 pelo uso de dados de John Hopkins, dados DXY e Weixin. O aplicativo mostra o número de casos suspeitos, confirmados e recuperados por horário e região. O código está disponível em GithubGenericName.

Casos globais de COVID-19

Casos globais de COVID-19 é um aplicativo Shiny desenvolvido por Christoph Schoenenberger que mostra os desenvolvimentos do COVID-19 em um mapa, gráficos, tabelas de resumo e figuras. Seu código está disponível no Github.

Governos e COVID-19

Este é um aplicativo Shiny desenvolvido por Sebastian Engel-Wolf. Ele mapeia o crescimento exponencial do COVID-19, dias para duplicar infecções, casos confirmados, taxa de mortalidade e número de casos confirmados por 100.000 pessoas em diferentes regiões. O código está disponível no Github.

Empacotando

A comunidade de código aberto respondeu de forma rápida e eficaz à pandemia do COVID-19. Muitos projetos foram construídos e continuam a ser construídos para combater a propagação da doença. Este artigo descreve alguns dos projetos. Ainda há incerteza sobre como a doença irá progredir nas próximas semanas. Mais projetos que podem alavancar as tecnologias de código aberto existentes encontrarão um lugar na luta contra essa doença mortal.

Fique seguro!

Artigo do Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem