Ferramentas de Código Aberto na Luta Contra a COVID-19
Diversos governos, cientistas e instituições de pesquisa estão empregando tecnologia e inovação para enfrentar os desafios impostos pela COVID-19.
Com o objetivo de mitigar os efeitos devastadores desse vírus, foram criadas e estão sendo aprimoradas ferramentas de código aberto, as quais têm se mostrado essenciais no apoio aos esforços globais.
Uma variedade dessas ferramentas já está em uso, auxiliando pesquisadores a entender melhor a doença, rastrear sua disseminação, implementar medidas de prevenção e, principalmente, reduzir o contágio e o número de vítimas. No Ecossistema Educacional, é possível encontrar diversos projetos que ilustram o uso dessas ferramentas em diferentes contextos.
Este artigo tem como objetivo explorar algumas das ferramentas e bibliotecas de código aberto que estão sendo utilizadas no monitoramento, prevenção, contenção, diagnóstico e tratamento da COVID-19.
Monitoramento da COVID-19 Através de Mapas
Em janeiro, o Centro de Ciência e Engenharia de Sistemas da JHU lançou um Mapa de Rastreamento Global da COVID-19, que rapidamente se consolidou como uma fonte confiável e internacional de dados em tempo real sobre a progressão da pandemia.
Sendo de código aberto, o mapa tem sido fundamental no fortalecimento das iniciativas de pesquisa e visualização por grandes meios de comunicação, organizações menores e administrações locais.
Rastreador DXY-COVID-19
O DXY-COVID-19-Crawler foi um dos primeiros projetos de código aberto a surgir em resposta à COVID-19, ainda em janeiro.
Os desenvolvedores utilizaram dados do DXY.cn, um site usado por profissionais de saúde chineses para notificar e monitorar casos. Eles desenvolveram um rastreador web que coletava informações do site, disponibilizando-as através de uma API e um data warehouse. O código está acessível no Github.
Kit de Dados Abertos
O Kit de Dados Abertos (ODK) já era uma ferramenta estabelecida, tendo sido utilizada em surtos de Ebola na África Ocidental em 2004 e, mais recentemente, na República Democrática do Congo em 2019.
Essa ferramenta auxilia principalmente na coleta, gestão e utilização de dados para rastreamento de contatos, mapeamento estratégico, tomada de decisões, engajamento da comunidade e gestão de casos.
Em resposta à COVID-19, a comunidade ODK expandiu seu uso disponibilizando um formulário de notificação em suas plataformas. O formulário foi desenvolvido em conformidade com o protocolo da Organização Mundial da Saúde para investigação de casos, rastreamento de contatos e estudos.
Os desenvolvedores também estão oferecendo suporte gratuito a organizações que implementaram o ODK em resposta à pandemia.
Nextstrain
A ferramenta Nextstrain acompanha a evolução de patógenos. Anteriormente, ela já havia sido empregada para identificar a história genética de doenças, permitindo a previsão de sua progressão.
Seu uso foi bem-sucedido em epidemias anteriores, como a do Ebola. Através de dados genéticos da Iniciativa Global de Compartilhamento de Dados sobre Influenza (Gisaid), a Nextstrain está sendo utilizada para combater a COVID-19.
DHIS2
O DHIS2, um dos maiores sistemas de gerenciamento de informações de saúde do mundo, é utilizado em mais de 70 países. Em resposta à COVID-19, o DHIS2 lançou um conjunto de dados digitais que agiliza a detecção de infecções, a notificação, o monitoramento e o tratamento da doença.
O pacote de dados digitais DHIS2 utiliza metadados padronizados, alinhados com o protocolo da OMS para definição de casos e vigilância da COVID-19, permitindo uma implementação e resposta rápidas.
Pikobar West Java
O Centro de Informação e Coordenação para Doenças e Desastres da Indonésia é uma central de resposta a crises estabelecida para atenuar e responder à COVID-19 na província de Java Ocidental, na Indonésia.
O Jabar Digital Service, como parte da resposta, desenvolveu uma ferramenta web e aplicativo de código aberto que permite aos usuários acessar os dados mais recentes sobre a COVID-19.
OpenMRS
O OpenMRS é um sistema de gestão de informações de pacientes usado em diversos países em desenvolvimento. Dada a flexibilidade do Sistema OpenMRS, países com recursos de saúde sobrecarregados podem usá-lo para monitorar, realizar triagens e tratar a COVID-19.
O sistema pode ajudar a aumentar a capacidade dos serviços de saúde, fornecendo acesso a informações baseadas em evidências sobre como lidar com a crise.
OpenLMIS
O Projeto OpenLMIS utiliza uma abordagem focada na comunidade para desenvolver um sistema de informações de gestão logística de código aberto. O sistema busca aumentar a precisão dos dados, a responsabilização, a pontualidade e a visibilidade das informações.
O OpenLMIS tem como objetivo aprimorar as cadeias de suprimentos de saúde, o inventário de recursos médicos e, assim, fornecer uma visão clara dos suprimentos disponíveis, incluindo kits de teste e EPIs (Equipamentos de Proteção Individual). Essa ferramenta pode ser usada para auxiliar a tomada de decisões na alocação de recursos em resposta à COVID-19.
Locais de Saúde
O Projeto Global de Mapeamento de Locais de Saúde é uma iniciativa que visa mapear todas as unidades de saúde do mundo, tornando as informações de cada hospital facilmente acessíveis. Os dados sobre as unidades de saúde foram disponibilizados por meio de uma API.
Através da colaboração com os usuários, a equipe healthsites.io coleta e valida a localização e os dados de contato de cada unidade de saúde, disponibilizando as informações gratuitamente através de uma licença de dados abertos.
SORMAS
SORMAS (Sistema de Gestão e Análise de Resposta a Surtos de Vigilância) é um sistema de e-saúde móvel de código aberto. Ele foi implementado para auxiliar no controle de doenças e nos procedimentos de gestão de surtos.
O sistema tem sido usado em diversos países, como Gana, Nigéria, Nepal e Fiji, para vigilância e detecção precoce da COVID-19.
O SORMAS é um sistema gratuito e de código aberto que segue padrões de proteção de dados.
Tóquio COVID-19
O Governo Metropolitano de Tóquio desenvolveu um site de código aberto para manter seus cidadãos informados sobre a COVID-19. Devido à sua natureza aberta, o site recebeu contribuições de mais de 200 usuários. Outras cidades como Chiba, Nagano e Fukuoka também adaptaram o site para suas necessidades.
OpenELIS
O propósito do Sistema de saúde OpenELIS é aprimorar a assistência médica através de um sistema de gestão de informações laboratoriais baseado em padrões, que pode ser usado por diferentes iniciativas de saúde para melhorar o tratamento de pacientes.
O surto de COVID-19 gerou um grande desafio global de rastreamento de contatos e testes em massa de casos suspeitos. O sistema OpenELIS pode ser usado no combate à COVID-19 para facilitar o rastreamento de testes e resultados de laboratório.
O Kit de Ferramentas de Saúde Comunitária é uma coleção de ferramentas de código aberto e recursos de acesso aberto que tem como objetivo construir e implementar soluções digitais para uso em iniciativas de saúde comunitária em áreas de difícil acesso.
A comunidade de desenvolvedores do Community Health Toolkit tem se dedicado a criar ferramentas e recursos para apoiar os agentes comunitários de saúde na luta contra a COVID-19.
CHIME
O Modelo de impacto hospitalar COVID-19 para epidemias (CHIME) é um aplicativo de código aberto desenvolvido por cientistas de dados da Penn Medicine – Universidade da Pensilvânia. É uma ferramenta online que permite aos hospitais prever o impacto do vírus em seus recursos de saúde.
O CHIME foi desenvolvido usando Python e a biblioteca pandas de código aberto.
Mapa de Cuidados COVID
O Mapa de Cuidados COVID auxilia no mapeamento dos recursos de saúde existentes e prevê lacunas em termos de leitos hospitalares, ventiladores, suprimentos médicos e pessoal. Todos os métodos, ferramentas de processamento de dados, visualizações e código-fonte são gratuitos e de código aberto.
O projeto COVID Care Map busca antecipar e agir para reunir apoio para cuidar efetivamente do número crescente de pessoas infectadas com COVID-19 e daqueles que necessitam de cuidados intensivos.
Locale.ai
A Locale.ai desenvolveu uma visualização interativa de código aberto de todos os casos confirmados de COVID-19 em todo o mundo, utilizando dados da Universidade John Hopkins.
Para criar o site de visualização COVID-19, a Locale.ai utilizou Vue.js, um framework popular para o desenvolvimento de aplicativos web modernos.
COVID-19 ao redor do mundo
Este aplicativo utiliza visualizações de mapa para monitorar a disseminação da COVID-19, os casos confirmados e o desenvolvimento da doença em todo o mundo, com base em dados do John Hopkins CSSE.
Rastreador de Coronavírus
O aplicativo desenvolvido por John Coene rastreia a disseminação da COVID-19 utilizando dados do John Hopkins, dados DXY e Weixin. Ele mostra o número de casos suspeitos, confirmados e recuperados por horário e região. O código está disponível no Github.
Casos Globais de COVID-19
Casos Globais de COVID-19 é um aplicativo Shiny desenvolvido por Christoph Schoenenberger, que apresenta informações sobre a evolução da COVID-19 através de mapas, gráficos, tabelas de resumo e figuras. Seu código está disponível no Github.
Governos e COVID-19
Este aplicativo Shiny, desenvolvido por Sebastian Engel-Wolf, mapeia o crescimento exponencial da COVID-19, os dias para duplicação de infecções, os casos confirmados, a taxa de mortalidade e o número de casos confirmados por 100.000 pessoas em diferentes regiões. O código está disponível no Github.
Conclusão
A comunidade de código aberto respondeu de maneira rápida e eficaz à pandemia da COVID-19. Muitos projetos foram criados e continuam a ser desenvolvidos para combater a disseminação da doença. Este artigo apresentou alguns desses projetos. Dada a incerteza sobre a evolução da doença nas próximas semanas, é provável que mais projetos, baseados em tecnologias de código aberto, desempenhem um papel fundamental na luta contra essa doença.
Mantenha-se seguro!
Artigo do Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem